Univerza na Primorskem Fakulteta za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije
SI | EN

Razvoj novih računskih orodij na PDB ravni za odkrivanje zdravil

natisni
Naslov projekta:
Razvoj novih računskih orodij na PDB ravni za odkrivanje zdravil
 
Šifra projekta:
J1-9186
 
Vodja projekta:
prof. dr. Dušanka Janežič
 
Vodilna institucija:
UP FAMNIT
 
Partnerske institucije:
UL Fakulteta za Farmacijo, UM Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
 
Financer projekta:
Javna agencija RS za raziskovalno dejavnost (ARRS)
 
Vrsta projekta:
temeljni projekt
 
Raziskovalno področje (ARRS):
1.07 Računsko intenzivne metode in aplikacije
 
Trajanje projekta:
1.7.2018 - 30.6.2021
 
Predstavitev projekta:
Cilj raziskovalnega projekta je razvoj novih metodoloških in računskih rešitev, ki se izvajajo kot prosto dostopni spletni strežnik za napovedovanje odziva na zdravila z napovedovanjem vezavnih mest in njihovih ligandov ter napovedovanje učinkov variant zaporedja na afiniteto vezave za molekule za zdravila. Medtem ko je bilo predstavljenih več metod za upoštevanje fleksibilnosti proteinov, se je MD pri vseh atomih doslej uporabljal le za specifične beljakovine, ki so v interesu, in je premalo učinkovit za uporabo v celotni podatkovni zbirki PDB. Dostop do dolge časovne lestvice z MD se ne more uresničiti z zgolj povečanjem računskih virov. Namesto tega je treba voditi metodološke izboljšave. Razvoj metod na tem področju je izredno zahteven, saj je ta raziskava na prečni poti bioinformatike, matematičnih algoritmov, biokemije in statističnih ansamblov. Razvili bomo nov pristop za sistematizacijo učinkov različnih zaporednih variant genov, ki kodirajo ciljne beljakovine znanih aktivnih snovi in bo še posebej koristen v okviru natančne medicine.
 
Oddelek UP FAMNIT, v okviru katerega se izvaja projekt:
Oddelek za matematiko